Für den einflussreichen Posten wählte von der Leyen Pieper, die wie sie Mitglied der deutschen Christdemokraten (CDU) ist. Abgeordnete des Europäischen Parlaments, Kollegen der Europäischen Kommission oder der Organisation Transparency International verdächtigen die EK-Chefin, dass sie im Auswahlverfahren ihre Parteikollegin favorisiert habe, und fordern eine Erklärung.

Den Medien zufolge erwies sich Dlabajová beim Vorsprechen als beste Kandidatin. Aufgrund dieser Empfehlungen und anschließender Interviews wurde sie vom EU-Kommissar für den Binnenmarkt, Thierry Breton, für die Position nominiert. Der Europaabgeordnete Pieper wurde hinter der Schwedin Anna Stellinger Dritter, aber von der Leyen entschied sich für ihn. Kritiker bezeichneten das Vorgehen als Machtspiel von der Leyens mit dem Ziel, sich die deutsche Unterstützung für die Wahl eines neuen Kommissionschefs zu sichern.

Ein Sprecher von der Leyen sagte nach Bekanntgabe des Rücktritts von Pieper, dass „der Präsident die Entscheidung von Markus Pieper, das Amt des Mittelstandskommissars nicht wie geplant am 16. April anzutreten, respektiert und bedauert“.

Nach Angaben der DPA-Agentur wird es nun ein neues Auswahlverfahren für die Position geben, das jedoch erst nach den Wahlen zum Europäischen Parlament beginnen wird, die vom 6. bis 9. Juni stattfinden.

Von der Leyen ist die Kandidatin der Europäischen Volkspartei (EVP) für die Wiederwahl als Chefin der Europäischen Kommission. Die Kontroverse um die Ernennung Piepers schwächt sie politisch.